Apple Watchへの通知のオンオフは、アプリごとに設定することもできます。
iPhoneから設定することができます。
LINEの通知だけオフにする

iPhoneの「 Watch 」アプリを開きます。

左下の「 マイウォッチ 」をタップします。

「 通知 」をタップ。

下の方にある、
「 iPhoneから通知を反映 」で、
「 LINE 」のボタンをオフにします。
(上の画像はオンの状態)
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